Peptide3D MSe의 프로세싱이 ProteinLynx Global Server (PLGS) 3.0.3에서 멈춤 - WKB3426

증상

• MSe 처리가 중단됨(종종 피크 검색 단계에서 중단됨)
• PC에 설치된 RAM의 양과 상관없이 메모리 소비가 100%로 증가합니다.
• Windows Task Manager에 peptide3D.exe라는 프로세스가 사용 가능한 RAM의 대부분을 차지합니다.

환경

• PLGS 3.0.3
• MSe, HD-MSe 또는 UD-MSe 데이터 프로세싱

원인

MSe 스펙트럼 프로세싱 매개변수의 Apex3d 임계 값은 데이터에 비해 너무 낮을 수 있습니다. 이는 Apex3D 실행 파일이 많은 노이즈 피크를 검출하고 있음을 의미합니다. 이 노이즈는 peptide3D 실행 파일로 전달되며, 그 후 시스템 RAM이 노이즈를 처리하려고 할 때 과부하가 발생하여 중단이 발생합니다.

이 문제는 일반적으로 고객이 특정 데이터 세트에 대한 올바른 매개변수를 도출하는 대신 기본 MSe Processing Method를 사용하여 데이터를 처리하려고 할 때 발생합니다.

수정 또는 해결 방법

1. PLGS에서 모든 프로세싱 작업을 중지합니다.
2. Windows Task Manager를 사용하여 peptide3D 실행 파일 또는 Apex3D 실행 파일을 중지합니다.
3. PLGS에서 더 높은 Apex3D의 낮은 에너지와 높은 에너지 임계 값을 사용하여 새로운 MSe Processing Method를 생성합니다.
   • 가장 이상적으로 사용자는 각 데이터 세트에 대해 Apex3D의 낮은 에너지와 높은 임계 값을 최적화해야 합니다. 이를 통해 식별 가능한 최대 피크 수가 결정되기 때문입니다.
   • PLGS Threshold Inspector는 Apex3D 임계 값을 반자동으로 최적화하는 데 유용한 프리웨어(freeware) 도구입니다.
4. PLGS Threshold Inspector에 의해 식별된 최적의 Apex3D 매개변수가 프로세싱 중단시 사용된 매개변수보다 낮을 경우, 이는 단순히 Apex3D 임계 값의 문제가 아닙니다. GSS에 문의하십시오.
5. PLGS Threshold Inspector에 의해 식별된 최적의 Apex3D 임계 값이 프로세싱 중단 발생시 사용된 임계 값보다 높으면 해당 임계 값을 사용하여 문제의 데이터 파일을 다시 프로세싱해 보십시오.
6. 최적화된 Apex3D 임계값 매개변수가 문제 파일을 처리할 수있는 경우, 새로운 MSe Processing Method으로 전체 데이터 세트를 다시 처리하십시오
7. 최적화된 임계 값을 사용하여 프로세싱이 다시 중단되거나 최적화된 임계 값으로 문제 파일을 처리할 수 없는 경우 문서 13412에 설명된 해결 방법을 적용하십시오.

추가 정보

PLGS와 함께 설치된 기본 MSe Processing Method에 사용되는 Apex3D 임계 값은 Waters에서 지정한 샘플로 시스템 적합성 테스트를 통과하기 위한 경우에만 적합합니다. 다른 데이터에 최적화된 상태가 아니며, 대부분의 경우에는 데이터에 완전히 부적절할 수 있습니다.

PLGS Threshold Inspector의 설치 및 사용에 대한 추가 정보가 필요하다면 GSS로 문의하십시오.

다른 데이터 세트를 분석할 때마다 문서 13412의 수정 사항이 적용되었는지 여부에 관계없이 Apex3D 임계 값을 다시 최적화해야 할 수 있습니다.

동일한 문제가 Progenesis QI Proteomics v3에 영향을 미칩니다. 하지만 Progenesis QI for Proteomics v4에는 이 문제가 없습니다.