Peptide3D 프로세싱 중단 및 ProteinLynx Global Server (PLGS) 3.0.3 중단 - WKB13412

증상

• MSe 처리가 중단됨(종종 피크 검색 단계에서 중단됨)
• 경우에 따라 PLGS의 Job Viewer에 "calibrate Z1 drift raw" 단계에서 처리가 중단된 경우가 있습니다.
• Windows Task Manager는 PC에 설치된 RAM의 종류와 상관없이 스펙트럼 프로세싱 중에 RAM 사용량이 100% 증가하는 것을 보여줍니다.
• Windows Task Manager에 사용 가능한 RAM의 대부분을 차지하는 peptide3D.exe라는 프로세스가 나타납니다.
• Apex3D 임계값 최적화가 도움이 되지 않거나 샘플에 적절하지 않음(예: PLGS Threshold Inspector는 HCP 분석에 적절하지 않음)

환경

• ProteinLynx Global Server (PLGS) 3.0.3
• PLGS의 다른 버전은이 문제의 영향을 받지 않습니다.

원인

MSe 프로세싱 중에 너무 많은 피크가 Peptide3D 실행 가능 파일로 전달되고 있습니다. 그 결과, petide3D가 낮은 에너지 피크와 높은 에너지 피크를 일치시킬 때 RAM에 너무 많은 데이터를 로드하려고 시도하고 모든 RAM을 사용하게 됩니다. 이 문제는 일반적으로 고객이 특정 데이터 집합에 대해 올바른 매개 변수를 파생시키는 대신 기본 MSe Processing Method를 사용하여 데이터를 처리하려고 시도할 때 발생합니다. Processing Method에서 Apex3D 저에너지 및 상승 에너지 임계값이 처리 중인 데이터에 대해 부적절하게 낮으면 상황이 더 나빠집니다.

수정 또는 해결 방법

1. PLGS를 닫고 Windows Task Manager에서 모든 PLGS 프로세스(예: Apex3D, Peptide3D, iadbs)를 중지합니다.
2. 이 링크를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 "save as"를 선택하여 명령 파일 Peptide3D.exe_params.txt를 다운로드합니다.
3. Peptide3D.exe_params.txt 명령 파일을 C:\PLGS3.0.3\lib\apex3d\에 저장합니다.
4. PLGS 3.0.3을 다시 시작합니다.
5. 문제가 있는 데이터를 다시 처리합니다.

샘플 타입(예: 분획 샘플 또는 숙주 세포 단백질 분석 이외의 물질)에 적합한 경우, Apex3D 임계값을 최적화하면 이 문제를 완화할 수 있습니다. 위 수정값과 최적화된 Apex3D 임계값을 함께 사용하면 최상의 결과를 얻을 수 있습니다.

추가 정보

• 첨부된 peptide3D_params.txt 'command' 파일에는 저에너지(부모) 피크와 관련 고에너지(단편) 피크를 대응시킬 때 peptide3D가 사용하는 머무름 시간 창을 제한하는 명령이 있습니다. 결과적으로, Peptide3D는 RAM에 더 적은 데이터를 로드해야 하기 때문에 시스템 RAM에 peptide3D 프로세스가 과부하가 걸리지 않습니다.
• 이 명령 파일을 제자리에 두지 않고 성공적으로 처리된 샘플의 경우, 명령 파일이 적용된 후 재처리하면 식별된 단백질 수가 변경될 수 있습니다. 이는 ID 수의 증가 또는 감소일 수 있습니다.