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PLGS Threshold Inspector를 사용하여 MSe 스펙트럼 프로세스 파라미터를 최적화함 - WKB1232

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Article number: 1232To English version

목적 또는 목표

PLGS 스펙트럼 프로세스 파라미터를 최적화하여 MSe 또는 HD-MSe 데이터에서 식별된 단백질의 수를 최대화합니다.

 

환경

  • ProteinLynx Global Server (PLGS)
  • Progenesis QI for Proteomics v3
  • MSe, HD-MSe 또는 SONAR 데이터
  • PLGS Threshold Inspector(PLGS MSe 프로세스 파라미터의 최적화를 자동화하기 위한 도구)
  • PLGS(Tesla GPU 장착) 프로세스 PC

 

참고: Progenesis QI for Proteomics v4 자동화된 MSe 임계값 최적화 루틴을 포함하며 PLGS Threshold Inspector가 필요하지 않습니다.

절차

PLGS Threshold Inspector를 사용하여 MSe 프로세스 파라미터를 최적화하려면 다음이 필요합니다:

  • 분석하려는 데이터 세트의 일반적인 MSe 원본 데이터 파일

  • PLGS(Apex3D64.exe, Peptide 3D.exe 및 iaDBS.exe 파일 사용) 또는 Progenesis QI for Proteomics v3

  • XML 파일로 내보낸 PLGS 검색 워크플로

  • 워크플로 파일에 의해 참조되고 원본 데이터를 생성하는 데 사용되는 샘플에 적합한 시퀀스 데이터베이스(fasta 파일)

 

PLGS 및 Progenesis QI for Proteomics v3을 포함한 PLGS Threshold Inspector 설정 및 사용에 대한 자세한 지침은 첨부된 섹션에서 확인하실 수 있습니다.

 

단계

  1. http://sourceforge.net/projects/plgs...urce=directory에서 PLGS Threshold Inspector를 다운로드하고 설치합니다.

  2. 분석할 샘플에 적합한 검색 워크플로를 PLGS 워크플로 라이브러리에서 XML 파일로 내보냅니다(지침은 PLGS 도움말 파일 참조).

  3. PLGS Threshold Inspector를 엽니다.

  4. PLGS Threshold Inspector 창의 왼쪽 상단에서 최적화에 사용할 원본 데이터 파일을 선택합니다.

  5. 창의 오른쪽 상단에서 깜빡이는 빨간색 아이콘이 표시될 수 있습니다. 옆에 있는 아이콘을 클릭하면 필요한 EXE 파일로 연결하는 데 사용되는 드롭다운 메뉴가 열립니다. 아래 예제 경로는 PLGS3.0.3을 위한 것이며 다른 버전의 PLGS와 다를 수 있습니다.

    1. Apex3D - C:\PLGS3.0.3\lib\apex3d\ (Apex3D.exe 또는 Apex3D64.exe를 선택함)

    2. Peptide3D - C:\PLGS3.0.3\lib\apex3d\Peptide3D.exe

    3. IADBs - C:\PLGS3.0.3\bin\IADBs.exe

    4. 워크플로우 - 2단계에서 내보낸 검색 파라미터가 포함된 워크플로 XML 파일을 선택합니다.

    5. 2단계에서 내보낸 워크플로 XML 파일에서 참조하는 시퀀스 라이브러리가 포함된 fasta 파일을 선택합니다.

참고: Progenesis QIp v3 사용자도 PLGS3.0.3을 가집니다. 둘 다 MSe 프로세스를 위해 동일한 실행 파일을 사용합니다. 따라서 Progenesis QIp v3 사용자는 위의 지침을 따르거나 첨부 문서에 설명된대로 Progenesis QIp 설치 폴더의 실행 파일을 사용할 수 있습니다.

  1. 데이터에서 파라미터를 테스트할 시간 창을 선택합니다.

제안: PLGS Threshold Inspector를 처음 설정할 때 모든 링크가 작동하는지 확인하기 위해 한 세트의 파라미터와 좁은 시간 창을 선택합니다

  1. 기본 창 왼쪽에 있는 확인란을 선택하여 테스트할 파라미터 조합을 선택합니다.
  2. Play를 누르고 변수를 유지하면서 선택한 데이터 파일에 가장 적합한 파라미터를 찾습니다.

참고: PLGS Threshold Inspector는 히트 수가 아닌 단백질 수를 보고합니다. 즉, 중복된 동족체가 포함되어 결과가 부풀어 오르는 경우일 수 있습니다.

  1. PLGS Threshold Inspector 비교의 결과에 따라 PLGS에 MSe Processing Parameters를 생성합니다.

추가 정보

  • PLGS 또는 Progenesis QI Proteomics default MSe 프로세스 파라미터도 PLGS 시스템 적합성 테스트 문서에 나열된 파라미터도 모든 샘플에 보편적으로 적용되지 않습니다.
  • MSe 프로세스 파라미터를 잘못 설정하면 식별된 단백질의 수에 심각한 악영향을 미칠 수 있습니다.
  • 안전한 쪽에 MSe 파라미터를 낮게 설정하면 실제로 PLGS가 불일치 피크에 불이익을 주기 때문에 히트 수가 더 줄어들 수 있습니다.
  • 사용자는 각 샘플 타입에 저에너지 및 고에너지 임계값 설정을 최적화하는 것이 좋습니다.
  • PLGS Threshold Inspector는 PLGS 데이터 프로세스를 위한 최적의 LE 및 HE 임계값을 자동으로 찾기 위한 도구입니다.
  • PLGS Threshold Inspector는 Waters에서 개발되었지만 Waters 공식 소프트웨어가 아니며 프리웨어로 배포됩니다.

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