OpenLynx에서 MaxEnt를 사용하여 파일을 처리하고 보고하는 방법 - WKB3138

목적 또는 목표

수집 직후 또는 후처리 분석에서 OpenLynx를 사용하여 샘플을 자동으로 프로세싱하고 최대 엔트로피 프로그램을 적용하여 스펙트럼을 디콘볼루션합니다.OpenLynx/OALogin 리포트에서 디콘볼루션된 스펙트럼 및 데이터 보고 

환경

• MassLynx
• OpenLynx
• OALogin
• MaxEnt I, MaxEnt II, MaxEnt III

절차

1. MaxEnt가 프로세싱 PC에서 활성화 되었는지 확인합니다(문서 MassLynx에서 MaxEnt가 활성화되었는지 어떻게 알 수 있습니까? - WKB3140 참조).
   
2. 데이터 프로세싱
3. OpenLynx > SetUp으로 OpenLynx Method를 엽니다.
4. View > Options로 이동하여 Max Ent 프로세싱 옵션을 선택하여 이 옵션을 표시합니다.
5. MS Process 탭을 클릭한 다음 MaxEnt를 클릭합니다.
6. Do MaxEnt 확인란이 선택되어 있는지 확인합니다.
7. 사용 가능한 매개 변수를 적절하게 편집합니다.
   Mass Range: 수집된 스펙트럼에서 프로세스할 데이터 범위를 지정합니다.
   Output Mass: 소프트웨어가 디콘볼루션된 질량을 찾을 질량 범위를 정의합니다.
   Range around Specified Mass: 로그인 프로세스(샘플 목록 또는 OALogin)에 지정된 질량이 있어야 합니다. 이렇게 하면 OpenLynx가 HIT 또는 MISS 결과를 제공할 수 있습니다.
   Output Mass Resolution: 소프트웨어가 프로세스된 후 디콘볼루션된 스펙트럼에서 얻으려는 스펙트럼 분리능입니다.
   Output Mass Range: 대상 화합물의 질량을 모르는 경우 이 범위를 사용합니다. 질량은 콜론으로 구분합니다(예: 3000:9000). 이 값을 사용하면 적중 또는 누락 결과가 제공되지 않지만 "검색되지 않은" 색상이 제공됩니다.
   Damage Model: 기본 설정은 Uniform Gaussian을 사용하고 Width at Half Height을 스펙트럼 피크의 대략적인 피크 너비로 설정하는 것입니다(피크는 연속 모드에서 획득해야 함).
   Completion Options: 일반적으로 20번이면 긴 프로세싱 시간 없이 합리적인 스펙트럼을 얻기에 충분합니다.
   Minimum Intensity Ratios: 디콘볼루션 계산에 포함되기 위해서는 시리즈 내 인접 피크가 최소 높이가 되어야 합니다. 적절한 값은 일반적으로 33%입니다.
8. Save processing spectra(프로세싱된 스펙트럼 저장) 상자를 선택합니다.
9. OLP 파일을 저장합니다.
10. 이 Method로 데이터 파일을 프로세싱하면 자동으로 디콘볼루션된 스펙트럼이 생성됩니다.
    
11. 데이터 리뷰 및 보고
12. 디콘볼루션된 스펙트럼을 보려면 OpenLynx 브라우저에서 결과 파일을 열고 View > Options로 이동합니다. 
13. Spectrum 탭에서 Default range to data 확인란을 선택합니다. 이 옵션을 선택하지 않으면 처리된 데이터가 아닌 수집된 데이터만 표시됩니다.

참고: OpenLynx Method를 사용하여 OALogin을 통해 자동으로 처리하기 전에 샘플 목록에서 원본 데이터 파일을 처리하여 OpenLynx Method를 테스트할 수 있습니다.

참고: 경우에 따라 미지 샘플이 처리되더라도 목표 질량을 입력해야 할 수 있습니다(예: Sample list의 Mass A, OpenLynx Method의 Mass1).

추가 정보

MassLynx 도움말을 참조하십시오. MaxEnt 알고리즘은 최대 엔트로피 Method를 사용하여 다중 전하 ElectroSpray 스펙트럼에서 실제 분자량 스펙트럼을 생성합니다. MaxEnt는 단백질 혼합물에서 성분이 지정된 질량 범위 내에 있다는 사실 외에는 다른 정보 없이 해당 성분의 분자량을 자동으로 찾습니다. 이 범위는 클 수 있습니다(예: 5~100kDa). 프로세싱 시간을 줄이기 위해 이 기술은 현재 예비 측량 실행을 포함하며, 존재하는 성분의 대략적인 질량을 찾기 위해 대략적인 출력을 생성합니다.