CONFIRM Sequence 앱이 포스포로티오에이트(phosphorothioate) 시퀀스를 프로세스하지 못함 - WKB305263

증상

• 포스포로티오에이트(Phosphorothioate) 연결 올리고 올리고뉴클레오타이드 시퀀스 분석에 사용될 때 CONFIRM Sequence가 데이터를 프로세스하지 못함
• Phosphodiester-linked 올리고뉴클레오타이드 시퀀스 사용하는 경우에도 동일한 데이터를 처리할 수 있습니다.

환경

• waters_connect 3.6.0
• waters_connect 3.7.0
• CONFIRM Sequence 1.4.0

원인

Confirm Sequence 1.4.0과 waters_connect Base Kits 3.6.0 및 3.7.0 사이의 비호환성

포스포로티오에이트 단량체(Monomer) ID에는 별표(*)가 포함됩니다. waters_connect 3.6.0 및 3.7.0에서 사용되는 Platform Services 버전은 Confirm Sequence(시퀀스 확인)의 단량체(Monomer) ID 필드에 별표를 허용하지 않으므로 프로세싱이 실패합니다.

수정 또는 해결 방법

waters_connect 4.0.0으로 인플레이스 업그레이드를 수행합니다.

참고: 이 문제는 베이스 키트의 기능으로 인해 발생하기 때문에, waters_connect 3.7.0과 함께 설치할 때 포스포로티오에이트 시퀀스를 프로세스하지 못하는 동일한 버전의 Confirm Sequence가 waters_connect 4.0.0과 함께 설치된 경우 포스포로티오에이트 시퀀스를 성공적으로 프로세스합니다.

추가 정보

이 문제는 나열된 버전의 waters_connect Base Kit에만 영향을 미칩니다. Waters_connect 3.2.0에서는 발생하지 않았으며 waters_connect 4.0.0에서 수정되었습니다.

또한 대체 포스포로티오에이트 단량체(phosphorothioate monomer) 세트를 수동으로 생성하여 영향을 받는 버전에서 문제를 해결할 수도 있습니다.

1. Synthetic Library 앱을 엽니다.
2. Monomers library(단량체 라이브러리)를 엽니다.
3. 각 phosphorothioate 단량체(즉, ID 필드에 *가 있는 단량체)에 대해:
   1. 단량체(Monomer)를 복제합니다.
   2. 영숫자만 포함하도록 ID 필드를 편집합니다. 예: Deoxyadenosine thiophosphate의 경우 ID를 "dA*"에서 "dAs"로 변경합니다.
   3. 복제되고 편집된 단량체(Monomer)를 저장합니다.
4. 올리고뉴클레오타이드 Sequence Library를 엽니다.
5. 포스포로티오에이트(Phosphorothioate) 단량체(Monomer)가 포함된 각 시퀀스를 편집하여 별표(*)가 포함된 시퀀스를 3단계에서 생성된 시퀀스로 바꿉니다.
6. mRNA Library를 엽니다.
7. 포스포로티오에이트(Phosphorothioate) 단량체(Monomer)가 포함된 각 시퀀스를 편집하여 별표(*)가 포함된 시퀀스를 3단계에서 생성된 시퀀스로 바꿉니다.

고객이 임시 방법을 사용한 다음 waters_connect 4.0.0으로 업그레이드하는 경우, 자신이 만든 대체 포스포로티오에이트 단량체(phosphorothioate monomer)를 계속 사용하거나 시퀀스 확인 1.4.0과 함께 설치된 기본 포스포로티오에이트 단량체(phosphorothioate monomer)를 다시 사용할 수 있습니다.

waters_connect 3.6.0 및 3.7.0의 문제는 CRI-8171로 기록되었습니다.