사용자 정의 아미노산 수정은 look-ahead 또는 look-behind 설정에 의해 지정된 잔기에 적용되지 않음 - WKB118646

증상

• 사용자 정의 아미노산 수정이 특정 단백질 서열에서 특정 잔기만 수정되도록 look-ahead 및 look-behind 서열과 함께 적용되었음에도 불구하고, 검색 결과의 다른 아미노산에 수정이 할당될 수 있습니다.
  • 예를 들어, 히스톤(histone) H3의 "꼬리"에는 각각 아세틸화될 수 있는 8개의 라이신(K) 잔기가 포함됩니다. 부동한 잔기를 수정하면 서로 다른 생물학적 효과가 나타나며, 이러한 라이신은 부동한 수정의 영향을 받을 수 있습니다(참조 The Role of Histone Tails in the Nucleosome: A Computational Study, Erler et al., Biophysical Journal, 107, Vol 12, 2014).

• K9에 특정된 아세틸 수정을 정의하려는 경우 UNIFI Scientific Library의 수정 편집기에서 "STG"의 look-head 시퀀스 및/또는 "TAR"의 look-behind 시퀀스를 정의할 수 있습니다.
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• 예를 들어, look-ahead 시퀀스와 함께 또는 자체적으로 수정 편집기는 수정 선택성이 올바르게 적용되는 것을 표시할 수 있습니다. 그러나 이것이 Analysis Method에서 사용되는 경우 Analysis Method의 Amino Acid Modifications 섹션에서 해당 부위별 수정을 사용하는 프로세스 결과에는 올바르게 적용되지 않습니다.
• Look-ahead 시퀀스만 포함하는 경우, 수정 편집기는 수정 선택성이 올바르게 적용되고 있음을 보여주며, Method의 Amino Acid Modifications 섹션에서 해당 부위별 수정을 사용하는 프로세스 결과에도 올바르게 적용될 수 있습니다.

환경

• waters_connect 3.2.0
• waters_connect 3.1.0
• UNIFI 3.0.0가 포함된 waters_connect
• UNIFI 2.1.2가 포함된 waters_connect
• UNIFI 1.9.13이 포함된 waters_connect
• UNIFI 1.9_SR4

원인

검색어가 잘못 정의되었습니다.

look ahead 및 look behind 기능을 사용하려면 검색 정의에 매우 구체적인 구문을 사용해야 합니다. 그렇지 않으면 제대로 작동하지 않습니다. 아미노산 시퀀스를 입력하는 것만으로는 충분하지 않습니다. 유감스럽게도 해당 구문은 UNIFI 도움말 파일(UNIFI) 또는 Administration 앱 도움말 파일(waters_connect)에 설명되어 있지 않습니다.

수정 또는 해결 방법

Look Ahead

특정 잔기의 변형을 대상으로 하기 위해 적용 대상 잔기 뒤의 아미노산 시퀀스를 사용하려면 다음 구문을 사용하십시오.

(?=pattern) 여기서 pattern은 아미노산의 시퀀스입니다.

예를 들어, 'Look Ahead'를 사용하여 시퀀스 HAQGTFTSDYSKYLDEKRAKEFVQWLMNTC의 위치 20에 있는 K에만 정의된 변형을 적용하려면 (?=EFV)를 사용하여 K( ?=EFV)를 검색합니다(즉, 뒤에 EFV가 뒤따르는 경우에만 K에 수정 사항을 적용함).

Look Behind

특정 잔기의 변형을 대상으로 하기 위해 Applies To 잔기 앞에 아미노산 시퀀스를 사용하려면 다음 구문을 사용하십시오.

(?<=pattern) 여기서 pattern은 아미노산의 시퀀스입니다.

예를 들어, 'Look behind'를 사용하여 시퀀스 HAQGTFTSDYSKYLDEKRAKEFVQWLMNTC의 위치 20에서 K에 정의된 수정을 적용하려면 (?<=KRA)를 사용하여 (?<=KRA)K를 검색합니다(앞에 KRA가 오는 경우에만 수정 사항을 K에 적용함).

추가 정보