ProteinLynx Global Server에서 pass 1, 2 및 modifications scoring의 작동 방식 - WKB1209

환경

• ProteinLynx Global Server
• 결과 브라우저에 일부 펩타이드가 "pass1" 일치로 표시되고 다른 일부가 "modifciation" 또는 "pass 2" 일치로 표시됩니다.

답변

Pass 1(시퀀스 일치의 첫 번째 라운드)는 더 엄격한 허용 오차를 사용하며 (기본적으로) 변수 수정을 고려하지 않습니다. pass 1의 결과는 pass 2에 사용될 단백질 목록입니다. 이렇게 하면 pass 2에서 시도해야 하는 매칭 수를 제한합니다.

Pass 2는 더 넓은 허용 오차를 사용하며 변수 수정을 포함하여 더 많은 변형을 찾습니다.

점수 매김은 pass 1 또는 pass 2에서 발견되었는지 여부와 상관없이 모든 펩타이드/단백질에 대해 동일합니다. 다양한 수정을 포함하는 것으로 확인된 것을 포함하여, pass 2 match에 대해서는 편향이 없습니다.

자세한 내용은 Database searching and accounting of multiplexed precursor and product ion spectra from the data independent analysis of simple and complex peptide mixtures(간단하고 복잡한 펩타이드 혼합물에 대한 데이터 독립적 분석에서 얻은 multiplexed precursor 및 product ion 스펙트럼의 데이터베이스 검색 및 설명), Li et al, Proteomics 2009, 9, 1696–1719을 참조하십시오.

추가 정보

샘플에 변형된 펩타이드의 매칭을 통해서만 찾을 수 있는 단백질이 있거나 특정 변수 변형에 특별히 관심이 있는 경우 워크플로우 파라미터에서 "enriched"로 표시해보십시오. 농축 변수 수정은 pass 1에서 검색됩니다. 불행하게도, 이는 IA를 느리게 만드는 경향이 있으며 보다 무작위하고 빠르게 매칭(hit)합니다. 또한 IA가 발견하는 모든 일치 항목을보기 위해 위양성 비율을 100%로 설정할 수 있습니다.