ProMass 질량 테이블에서 수정된 올리고뉴클레오티드의 서열과 일치하도록 사용자 정의 뉴클레오시드의 합계 수식/질량을 수정하는 방법 - WKB91954
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목적 또는 목표
ProMass에서 사용자 정의 뉴클레오시드의 합계 수식/질량을 수정된 올리고뉴클레오티드의 서열과 일치하도록 수정합니다.
환경
- MassLynx 4.2
- MassLynx 2.0용 ProMass
- MassLynx HR용 ProMass
절차
znova_masses.ini 파일의 경우 하나의 인산염 결합을 가진 뉴클레오티드 단량체 잔류물의 중성 공식을 사용하여 뉴클레오티드 잔류물의 질량을 계산한 다음 해당 공식에서 H2O를 뺍니다. ProMass는 전체 체인의 5' 또는 3' 끝에 인산염이 없다고 가정하므로 기본적으로 3' 및 5' 끝에 OH의 전체 시퀀스를 남깁니다. 이것은 아미노산 잔류물을 사용하는 방식과 유사합니다. 아미노산에서 H2O를 빼내 잔류물 질량을 가져옵니다.
예를 들어, A MOE Gapmer의 경우 올바른 단일 동위 원소 질량은 다음과 같습니다.
#A MOE gapmer, C13H18N5O7P
xA = 387.0943842