추가 Symphony 작업은 어디에서 찾을 수 있습니까? - WKB72458

플러그인 작업의 소스

Waters Marketplace - Marketplace.waters.com

등록 및 로그인. 작업은 Symphony 구역에서 찾을 수 있습니다.

MS Utils - ms-utils.org - Software List

ProteoWizard - ProteoWizard: Tools

BioConductor - Bioconductor - BiocViews

BioConductor Mass Spec section - Bioconductor - BiocViews

DataTransfer — Alternative Batch File with Windows Authentication

현재 데이터 전송 작업과 함께 배포된 배치 파일은 Windows 사용자 이름과 암호가 필요한 원격 시스템에서 작동하지 않습니다.

대체 배치 파일은 여기에서 찾으십시오. http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/CopyData.zip

파일 압축을 해제하여 배치 파일로 이동하십시오.

현재 데이터 전송 작업에서 사용되는 배치 파일은 Waters 원본 데이터 파일의 (소스) 경로와 데이터를 복사할 (대상) 경로, 이 두 아규먼트를 포함합니다. 이 대체 배치 파일은 두 개의 추가 아규먼트 옵션을 포함합니다. 바로 원격 시스템에 연결하기 위한 사용자 이름과 암호입니다. 이러한 두 개의 추가적인 아규먼트가 제공되지 않은 경우, 현재 배치 파일의 동작과 동일합니다(즉, 인증이 필요 없는 시스템에서 전송 성공, 인증이 필요한 시스템에서 전송 실패). 이러한 두 개의 아규먼트가 제공되는 경우, 첫 번째 추가 아규먼트를 사용자 이름으로 가정한다면 두 번째 아규먼트는 암호로 간주됩니다.

Symphony 외부에서 배치 파일의 이름은 다음과 같이 지정할 수 있습니다.

1). CopyData.bat c:\source_location\MSe.raw\ c:\destination_location\MSe.raw\

(인증 필요 없음)

2). CopyData.bat c:\source_location\MSe.raw\ c:\destination_location\MSe.raw\ lord_commander ygritte

(인증 필요; 사용자 이름은 lord_commander, 암호는 ygritte입니다)

Symphony에서 인증을 사용하는 작업은 아래와 같습니다. 사용자 이름과 암호가 하드 코딩된 방식에 유의하십시오. 즉, 작업 중 직접 설정하며 데이터 키는 사용되지 않습니다.

위의 예제에서 사용자 이름 및 암호 데이터 키는 파이프라인 정의 자체에서 설정되거나 어떤 방식으로든 동적으로 추출되어야 합니다. 작업 중 사용자 이름과 암호를 하드 코딩하는 장점은 작업을 사용하는 모든 새 파이프라인에 사용자 이름과 암호를 입력할 필요가 없다는 것입니다. 그 단점은 각 작업에서 하나의 사전 설정된 자격 증명만 제공하기 때문에 다른 인증 자격 증명 세트를 제공할 때마다 별도의 작업이 필요하다는 것입니다.

다음은 데이터 키를 사용하는 작업 XML 링크입니다. http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/DataTransferAuthentication-datakeys.xml

다음은 하드 코딩된 값을 사용하는 작업 XML 링크입니다. http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/DataTransferAuthentication-hardcoded.xml

중요: 현재 배치 파일과 대체 배치 파일은 모두 Waters 원본 데이터 형식(예: 폴더)을 위해 설계되었습니다. 폴더가 아닌 항목에 대해 정의되지 않은/예기치 않은 동작이 표시됩니다. 이는 사용자가 원본 데이터를 이동할 뿐만 아니라 더 많은 데이터를 이동할 경우, 향후에 이 문제가 발생할 수 있습니다. 파일(및 폴더)과 함께 작동하는 다른 배치 파일이 필요하거나, 잘 설계된 단일 배치 파일이 있어야 합니다. 인증 및 파일/폴더에 대한 사전 설정도 좋지만 사용자는 원하는 모든 것을 맞춤화할 수 있습니다.

 

ProteoWizard — MSConvert Support

MSConvert는 ProteoWizard 프로젝트의 일부로서 이를 통해 공급업체 형식 파일(Waters 포함)을 mzML, mzXML, MGF 등과 같은 열린 형식으로 변환할 수 있습니다.

여기서는 Symphony가 MSConvert를 사용하여 Waters 데이터를 열린 형식으로 변환하도록 지원하는 방법을 설명합니다.

설치
ProteoWizard 설치. http://proteowizard.sourceforge.net/downloads.shtml에서 얻을 수 있습니다. Windows(32비트/64비트), Linux(64비트) 및 Mac(32비트)에서 사용할 수 있지만, Symphony의 경우 32비트 버전을 설치해야 합니다. 이는 원본 파일을 읽는 데 적절한 모든 Waters 소프트웨어 라이브러리가 함께 제공되므로 Waters 소프트웨어 라이브러리를 별도로 설치할 필요는 없지만, 많은 PC에 이미 설치되어 있을 수 있습니다.

ProteoWizard 설치 디렉터리를 기록해 두십시오. 일반적으로 "C:\Program Files (x86)\ProteoWizard\" 뒷부분에 버전별 접미어가 따라옵니다.

작업 생성
Symphony에서 작업을 생성하고 MSConvert.exe의 경로가 올바른지/적절한지 확인합니다.
아래는 MGF로 변환하는 작업입니다.

아래는 mzML로 변환하는 작업입니다.

아래는 mzXML로 변환하는 작업입니다.

작업 정의는 매우 유사합니다. MSConvert에서 지원하는 다른 형식으로 변환하거나 변환 프로세스에서 다른 작업을 사용자 정의하기 위해 새로운 작업을 생성하는 방법을 알 수 있습니다. 전체 옵션 세트는 MSConvert GUI를 참조하십시오.

여기서 "#copydatapath" 아규먼트는 데이터 전송 작업에서 사용하는 것과 동일합니다. 아래 파이프라인을 참조하십시오.

다음은 사용자가 직접 생성하지 않으려는 경우(또는 기타 이유)의 작업 XML 파일 링크입니다
http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/ConvertToMGF.xml
http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/ConvertToMZML.xml
http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/ConvertToMZXML.xml

파이프라인 생성

다음은 데이터 전송 작업과 ConvertToMZML 작업을 사용한 파이프라인의 예제입니다.

다음은 이 두 작업이 수행되는 과정입니다.

-데이터 전송 작업은 #rawdatapath에서 #copydatapath로 데이터를 복사합니다.

-변환 작업은 #copydatapath에서 #mzmlOutputpath로 데이터를 변환합니다.

MSConvert에서 '-o’ 옵션을 생략할 수 있습니다(Waters는 이 옵션을 선택하지 않음). 그렇다면 #mzmloutputpath(MGF 및 mzXML의 경우에도 유사함)가 필요하지 않을 수 있습니다.

다음은 사용자가 직접 생성하지 않으려는 경우(또는 기타 이유)의 작업 XML 파일 링크입니다. http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/DataTransferTraining.xml