ProteinLynx Global Server (PLGS)의 프로세싱 속도가 느립니다. 비특정 시퀀스 데이터뱅크 - WKB5677

증상

• PLGS는 검색을 실행하는 데 시간이 오래 걸립니다(PLGS 작업 관리자 참조).
• Task Manager에서 iadbs.exe(MSe 검색)가 열리지만 검색을 실행하는 데 오랜 시간이 걸리며 종료됩니다.

환경

• ProteinLynx Global Server2.x.x
• ProteinLynx Global Server 3.0
• ProteinLynx Global Server 3.0.1
• ProteinLynx Global Server 3.0.2
• ProteinLynx Global Server 3.0.3

원인

검색 워크플로우에 사용되는 단백질 시퀀스 데이터뱅크의 종류가 여러 가지이거나 중복도가 높습니다.

사용 중인 시퀀스 데이터뱅크가 샘플에서 파생된 종에 한정되지 않거나 중복된 시퀀스가 많이 포함된 경우 검색 단계가 느려집니다.

또한 전체 Uniprot 데이터베이스를 라이브러리로 사용하려고 시도하면 PC의 RAM이 과부하될 수 있습니다.

수정 또는 해결 방법

1. 종 특이적이며 중복된 시퀀스가 포함되지 않은 Uniprot에서 fasta 파일(예: Genomic DNA의 자동 번역에 의해 파생된 조각 시퀀스)을 다운로드하고, PLGS 데이터뱅크 라이브러리로 가져와 새 데이터 뱅크를 사용하는 워크플로우를 설정한 후 검색을 반복합니다. (지침은 PLGS 도움말 파일을 참조하십시오.)
2. 전체 Uniprot 데이터베이스에서 생성된 기존 라이브러리가 있는 경우(문제가 있는 대용량 fasta 파일을 PC에서 확인) PLGS 라이브러리 편집기에서 관련 단백질 시퀀스 데이터뱅크를 제거하고 PLGS를 다시 시작합니다.

추가 정보

PLGS 3의 MSe 데이터 프로세싱 속도 저하에 영향을 주는 요소는 다양합니다. 이러한 문제 중 일부는 동시에 발생할수 있으며, 이는 프로세싱 속도를 더욱 늦추는 가산적 또는 시너지 효과를 가져올 수 있습니다. 위의 솔루션이 도움이 되지 않는 경우, 다른 솔루션을 단독으로 사용해 보거나 이 솔루션과 함께 사용해 보십시오.

문서 5378, 5380, 5382, 5386, 5388 및 5679를 참조하십시오.