SYNAPT G2 HD 데이터의 CCS 값을 수동으로 조정하는 방법 - WKB25249

목적 또는 목표

CCS 값을 Progenesis QI for Proteomics로 가져올 수 있도록, drift bin에서 SYNAPT G2 mobility 데이터에 대한 충돌 단면적 값을 계산합니다.

SYNAPT G2-S/Si에서 이는 상대적으로 자동화되어 있습니다. IntelliStart에서 CCS 검량을 실행하고 MassLynx에서 수집된 mobility 데이터는 drift 시간 대신 자동으로 충돌 단면적(CCS)으로 보고됩니다. Progenesis QI는 원본 데이터를 가져올 때 해당 CCS 정보를 가져옵니다. SYNAPT G2에서 CCS 검량을 위한 IntelliStart 옵션을 이용할 수 없습니다. 그러나 데모 랩은 아래 단계에 따라 가능하다는 사실을 보여주었습니다.

환경

• SYNAPT G2

절차

1. 검량을 생성합니다.
   1. 샘플 수집에 사용된 기기 설정과 정확히 일치한 기기 설정을 사용하여 polyalanine mobility 검량 데이터를 수집합니다.
   2. * .csv polyalanine 참조 파일(polyalanine ref_cal.csv)을 DriftScope "cal" 하위 폴더에 저장합니다(참조 파일이 해당 경로에 없는 경우).
   3. DriftScope에서 이전에 수집된 Polyalanine 데이터를 엽니다.
   4. "Detect Peaks" 버튼을 클릭하고 일반 설정을 사용합니다(검출된 모든 피크의 정점에 스팟이 놓임).
   5. "Peak Detection"을 클릭하고 Calibrate Peaks > New Calibration을 선택합니다. 새로운 "CCS Calibration Editor" 창이 열립니다.
   6. File > "Open reference file ..."을 클릭하여 polyalanine *.csv 참조 파일을 로드합니다.
   7. Peaks > "Auto select ..."를 클릭하고 m/z tolerance = 0.1Da, Intensity Threshold = 0으로 설정하여, 수집 설정에 대한 ion mobility도 검량선을 생성합니다.
   8. Calibrate > "Save calibration"을 클릭하여 방금 생성한 검량을 저장합니다. CCS Calibration Editor 창이 자동으로 닫히고 원래 DriftScope 데이터 창이 다시 열립니다.
2. 샘플 데이터에 검량을 적용합니다.
   1. DriftScope에서 샘플 데이터를 열고 Polyalanine 데이터와 완전히 동일한 방식으로 "Detect Peaks"를 적용합니다.
   2. 적절한 "Minimum Intensity Threshold" 값은 각 개별 데이터 파일에 대해 선택되어야 합니다(너무 높고 극히 적은 피크가 감지되고, 너무 낮으며 전체 데이터 세트는 모든 저수준 백그라운드 이온을 포함하여 스팟으로 덮여 있음).
   3. Peak Detection을 클릭하고, Calibrate Peaks ... > Apply Calibration ...을 선택하고 이전에 생성한 검량 파일 하나만 마우스 왼쪽 버튼으로 클릭합니다(검량 파일의 이름이 원래 원본 데이터 파일의 이름과 일치함).
   4. Open을 클릭합니다. DriftScope에서 열려있는 샘플 데이터에 검량 파일이 적용됩니다.
   5. DriftScope에서 관심 영역을 확대하려면 "Use Zoom/Combine Tool" 버튼을 클릭한 다음 왼쪽 마우스 버튼을 누른 상태로 필요한 영역 주위를 그립니다.
   6. 샘플 데이터의 계산된 CCS 값을 보려면 DriftScope에서 관심 영역을 확대하고, 키보드에서 Control (Ctrl) 키를 누른 상태로 관심 이온에 해당하는 정점 스팟 위로 마우스 포인터를 이동합니다.

이 작업을 수행한 후에는 CCS 값이 데이터 파일에 유지되고, Progenesis QIp 또는 UNIFI로 데이터를 가져올 경우 CCS 값도 가져와야 합니다.

추가 정보

다음 명령이 포함된 bat 파일을 사용하여 검량 파일을 관련 .raw 폴더로 복사하는 단계를 자동화할 수 있습니다("."는 원본 파일의 이름이며, 원본 파일과 mob_cal.csv의 파일 경로는 해당 파일의 올바른 위치를 반영하도록 변경해야 합니다).

@echo off
for  /D  %%a  in ("d:\test\test2\*.*") do xcopy  /y  /d  d:\test\mob_cal.csv "%%a\"