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수집 후 SONAR 검량 파일을 생성하는 방법 - WKB202040

  1. 마지막 업데이트
  2. PDF로 저장
Article number: 202040To English version

목적 또는 목표

Skyline과 같은 타사 소프트웨어에서 데이터를 읽고 프로세스하기 위해 SONAR 검량 파일(_sonar.inf)을 수동으로 생성합니다.

환경

  • Windows 7 Professional 64비트 SP1

  • Windows 10 Enterprise LTSB 2016

  • SYNAPT XS

  • Xevo G2-XS

  • MassLynx 4.1(Xevo G2-XS 전용)

  • MassLynx 4.2

  • Apex3D(PLGS, Progenesis QI for proteomics 및 DriftScope와 함께 배포됨)

  • Skyline

절차

  1. SONAR 수집의 4중극자(Quadrupole) 검량은 .raw 샘플 폴더에 있는 _sonar.inf 파일에 저장됩니다. 아래 그림은 검량 파일의 위치(왼쪽)와 그 내용입니다(Notepad와 같은 텍스트 편집기로 읽음; 오른쪽).

  1. 제공된 _sonar.inf 템플릿의 사본을 만들고(첨부 파일을 다운로드하려면 링크 클릭) [SONAR#1] 섹션의 처음 네 줄을 수동으로 업데이트합니다. 이 정보는 SONAR 수집 Method를 생성하는 데 사용된 MassLynx Method 편집기에서 얻을 수 있습니다.
  2. Apex3D(PLGS, Progenesis QI for proteomics 및 DriftScope와 함께 배포됨, 명령줄 또는 배치 파일에서 실행)를 통해 Peak는 아래 표시된 인수 세트 중 하나를 사용하여 데이터를 검출합니다. 예제 배치 파일(SONARcalibration.bat)도 이 문서의 첨부 파일 섹션에서 제공됩니다. 텍스트 편집기를 사용하여 강조 표시된 경로와 인수를 업데이트해야 합니다. 변경이 완료되면 파일을 저장하고 두 번 클릭하여 실행합니다.

…\lib\Apex3D64.exe -pRawDirName …\filename.raw -outputDirName …\outputfolder -outputUserDirName …\outputfolder -lockMassZ2 785.8426 -lockmassToleranceAMU 0.25 -writeBinary 0 -bCSVOutput 1 -leThresholdCounts xyz -startingRTMin xyz -endingRTMin xyz -function 1  

…\lib\Apex3D64.exe -pRawDirName …\filename.raw -outputDirName …\outputfolder -outputUserDirName …\outputfolder -lockMassZ1 556.2771 -lockmassToleranceAMU 0.25 -writeBinary 0 -bCSVOutput 1 -leThresholdCounts xyz -startingRTMin xyz -endingRTMin xyz -function 1

경로를 업데이트하고 레이블이 지정된 인수의 이름 및/또는 데이터 파일 특정 값을 지정합니다.

  1. 이 프로세스는 검출 문턱값 위의 지정된 머무름 범위에서 검출된 피크 데이터를 포함하는 filename_Apex3DIons.csv 파일을 생성합니다.

  2. Excel에서 파일을 열고 x축에 m/z, y축에 이동성, atDrift1Start 및 atDriftStop으로 산점도를 생성합니다. 이동성은 분리 창의 중심을 나타내고 atDrift1Start 및 atDriftStop은 각각 가장자리를 나타냅니다. 아래에 예가 나와 있습니다.

  1. 선형 추세선을 추가하고 그림과 같이 차트에 방정식을 표시합니다.

  2. 최소 두 개의 m/z x축 데이터 포인트를 계산합니다. 이상적으로는 SONAR 4중극자(Quadrupole) 스캔 창의 시작과 끝입니다. 이 예에서는 m/z 400 및 m/z 900, 및 해당 bin y축 값인 세 방정식입니다. 이 예에서, 4중극자(Quadrupole) 분리 창의 중심을 나타내는 검량선에 대해 m/z 400 = 0.4014*400 - 159.18 = 1.37로 해당됩니다. 다른 두 검량 라인의 정보를 포함하여 [SONAR#1] 섹션에 대해 다음 라인이 생성됩니다. Calibration=400,-5.83,1.37,9.59

  3. [SONAR#1] 섹션의 마지막 검량 정보를 업데이트하여 아래에 표시된대로 결과를 제공하고 _sonar.inf 파일을 저장합니다.

  1. 생성된 _sonar.inf를 전체 실험의 모든 .raw 데이터 파일 폴더에 배포/복사합니다. 개별 파일을 검량할 필요는 없습니다.

추가 정보

참고: 설명된 수동 절차는 동일한 LE 및 EE 스캔 범위와 스캔 시간을 가진 SONAR 수집을 대상으로 합니다.

배치 파일에 사용되는 명령 용어집:

명령 설명
…\lib\Apex3D64.exe Apex3D64.exe의 위치
-pRawDirName …\filename.raw 원본 데이터의 위치
-outputDirName …\outputfolder 프로세싱 결과가 저장될 위치
-outputUserDirName …\outputfolder 프로세싱 결과가 저장될 위치
-lockMassZ2 785.8426 2+ Glufib 이온을 사용한 고정 질량(lock mass), m/z 786.8426
-lockmassToleranceAMU 0.25 고정 질량(lock mass) 검출에 적용된 허용 오차(Da)
-writeBinary 0 Apex3D가 출력 데이터를 .bin 파일에 쓰지 않도록 지시
-bCSVOutput 1 Apex3D가 쉼표로 구분된 변수(csv) 파일에 출력 데이터를 기록하도록 지시
-leThresholdCounts xyz 'xyz'는 Apex3D 저에너지(MS1) 문턱값 값을 정의하는 숫자 값
-startingRTMin xyz 'xyz'는 프로세스할 데이터의 머무름 시간 창의 시작을 정의하는 숫자 값
-endingRTMin xyz 'xyz'는 프로세스할 데이터의 머무름 시간 창의 끝을 정의하는 숫자 값
-function 1 프로세스될 데이터 기능을 정의

    

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